朱棣的野心在当时并不是秘密。据朝鲜史书记述，洪武二十三年，时为燕王的朱棣在朝鲜使臣经过北平府时便“倾意待之”，使臣从藩王府出来后便对外说道：“王有大志，其殆不在外藩乎。”朝鲜使臣一顿饭的工夫就能看出朱棣的野心，朱元璋恐怕更是洞若观火。
朱棣提出，李景隆有五条必败之理：。
领导力缺乏，团队缺乏统一思想。水土不服，缺乏补给。孤军深入。领导个人素质太差。团队素养也不行。
朱棣对李景隆的鄙视可见一斑。
整整两个月时间里，朱棣都带着主力机动部队在外，北平城只有残疾世子朱高炽坚守，李景隆硬是没有抓住机会。他先是磨磨蹭蹭，紧接着来到城下又中了守军的夜袭。当时围攻北平的南军士兵亲眼见到城墙上有女人向他们投掷石块，可见城内兵力物资缺乏到何种地步。南军都督瞿能眼见就要攻下彰义门，却被李景隆叫停。几个月前趾高气扬将周王从开封王府押回南京的李景隆，此时表现得极其颟顸，一直有种说法流传于世，说他根本就是朱棣的内应。
等朱棣率领朵颜三卫骑兵回到北平城下时，这几十万南军的命运已经注定悲剧了。在坚城之下，优秀的将领可以围而不发，专门在援兵必到之途设伏，所谓“围点打援”是也。李景隆则命令手中的机动部队丢掉一切辎重，向山东战略性转进。李景隆的大帐在郑村坝，即今天北京市朝阳区五环外的东坝。在这个比四环还多一环的地方，李景隆撤退时忘记通知二环外的攻城部队，数万大军被燕兵全数扫荡。
两军会战于白沟河，离北平城也不远。南军一开始占上风，因为前锋平安长期追随朱棣，朱棣称他为平保儿，他非常了解朱棣的套路。而当初几乎攻破北平彰义门的都督瞿能也一同配合，居然逼退了燕兵。郭英又及时赶到，封堵了朱棣的退路。朱棣先后换了三匹马，射光了三筒箭，宝剑也砍断，差点被平安、瞿能所伤，结果又是李景隆的神操作，叫停了攻势。
接下来的一年里，燕军的日子并不好过，战场从平坦的华北平原转移到山东丘陵地带。燕兵原本将李景隆从雄县打回山东，一口气攻下德州，准备转攻山东首府济南。结果坚守此地的山东参政铁铉和接替李景隆的盛庸奇计频出。铁铉诈降，命勇士埋伏在城墙上，待朱棣进入，便抛下铁板袭击他，并另外设伏断桥。结果朱棣还未入城，铁板便突然被抛下，朱棣坐骑被击中倒毙，伏兵暴露，桥在仓促之间也未截断，朱棣策马奔驰而去。
然而，朱棣此番得到了情报，先行南下，二十余日就从北平打到山东。朱棣决定扰乱南军的粮道，遣轻骑至大名，焚其粮船。燕军从馆陶渡运河，先后到达东阿、东平，威胁南方，迫使盛庸南下。盛庸将计就计，决定在东昌决战，并在阵中摆了大量--和毒--。盛庸此前在济南和铁铉并肩作战，有过击败燕军的战绩。此次他依城列阵，准备迎接燕军骑兵的冲击。朱棣的骑兵如期而至，冲击左翼，左翼岿然不动。也许想起了此前对付李景隆的办法，朱棣亲率骑兵直冲中军，果然，大阵被冲开了。朱棣眼见着自己的骑兵冲开盛庸的大阵，却像是盐撒进了水中，逐渐被稀释在南军步兵的密集阵型中，而两翼的南军也开始收缩，向中心合围——中计了。
最终，在燕军名将张玉、朱能的拼死冲杀下，朱棣避免了被俘的命运，大将张玉却殁于此战。
在齐眉山，燕军前锋被徐辉祖击败，再加上暑热，燕军陷入窘境，众将要求北返。朱棣说“欲渡河者左，不欲者右”大部分人站于左侧。朱棣明白，此时返回北方，根本不可能安全撤回北平——之前强行军绕过的那些北方雄镇，此时成了撤军道路上最大的绊脚石。多亏了当初在东昌拼死救援朱棣的朱能这时强力支持，表示“汉高祖十战九不胜，卒有天下”，燕军听罢居然也就稳定了军心。
朱棣马上利用这难得的一点士气，取得了一个战术性胜利——截取了南军平安部的粮道，这直接改变了战争的最终结局。南军居然在距离首都如此之近的地方陷入了缺粮窘境，平安等将领决定以三声炮响为信号，组织士兵突围。第二天，三声炮响如期而至，南军士兵纷纷向灵璧各城门奔去，城门打开，眼前的一幕让他们惊呆了——一群扛着云梯的燕军士兵正向灵璧城墙冲来。原来燕军选定的攻城时间正是同一天，信号也是三声炮响。就这样，原本一心突围的南军前锋部队不知突向何处，后排士兵却一心想出城求生，挤成一团。城门已开，燕军的骑兵顺势而起，南军门户最后的力量被杀了个一干二净。
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