岛原之乱是基督教大名有马晴信旧领地的岛原半岛和基督教大名小西行长领地的天草岛等地的基督信徒，由于新领主松仓重政和寺泽广高等人大肆镇压而演变成狂热信仰的反抗行动。
背景
宗教原因
天主教自1549年由耶稣会教士方济各·沙勿略首次传入日本后，人数迅速发展，特别是在九州、京都和江户地区。位于九州西部的岛原在信奉基督教的大名小西行长影响下，传教活动旺盛，在关原之战，所领改由寺泽广高所管领。
天主教的扩张引起传统的佛教和神道教反对;1587年，丰臣秀吉正式驱逐传教士，宣布基督教是邪教。然而教徒数量却继续增加，到17世纪初信众已达70万人。这时正值德川幕府准备统一日本，信奉天主教的地方诸侯成为政府特别征讨的对象，1614年幕府领令所有人必须弃教。
经济原因
德川幕府第三代将军德川家光力主闭关锁国政策，1616年下令禁止长崎和平户两港口外的对外贸易。大名们失去贸易收入，转向对领地民众增加税收来维持收入。岛原藩主松仓重政于1621年开始建筑岛原城，并镇压本地的天主教徒，其子松仓胜家更是以残暴著名。1634年起，岛原和天草地区连续发生天灾，更加重了民众的负担。
过程
10月22日，岛原藩两名捕吏带兵25人到有马村，逮捕两个教徒家属。有马村代官(藩吏)林兵有卫门探悉该村农民佐志木左卫门礼拜天主像，大怒，破门而入，浇掉画像，同时将他因拖欠年贡捕去抵押的女儿，脱下衣服，用火把拷问。在场的四、五个农民，愤而用农具杀死了林兵右卫门。于是浪人武士善右卫门宣告，“立刻杀掉各村藩吏”。岛原南部各乡纷纷响应，杀藩吏，烧寺庙，10月25日开始了武装暴动。
群众推举了一位勇敢而有才智的16岁青年天草时贞(四郎)作首领。他到全岛各地宣传，农民们和被杀教民的遗族都聚集山中、海岛开会，宣誓起义。这些多年受苦的庄屋(村长)、旧藩浪人武士，在起义中发挥了核心作用
10月26日，起义军2000多人粉碎了藩署派来镇压的军队，包围了富冈城，在天草四郎的领导下，两地大部分地区已为起义军所控制。参加起义的群众十分广泛，岛原南部13乡全人口的80%参加。其中6乡不论男女老幼一齐参加起义军。从阶级成分看，除农民外，还有手工业者和藩主的奴仆，有天主教徒，也有佛教徒。一些上层农民，如上述的庄屋(村吏)、因失去旧藩主而沦为农民的浪人武士，担任了起义军的指挥。
当时被围困在岛原城内的藩吏，飞报幕府和正在江户的藩主松仓胜家，并向邻藩求救。但各藩都观望不前，将军德川家光接报，惊呼这次起义“如昔之一向宗”，忙令正在江户的一些西南藩主赶回本藩，防止蔓延，并调兵遣将前往镇压。
11月中旬，天草的起义军3.7万人(包括妇女儿童)正在攻打富冈城，得悉幕方大军就到，退入岛原南端的旧城堡——原城。12月9日幕军包围原城，3次发动总攻击。起义军用火枪木石反击，当时特产的“有马步枪”命中率很高，幕军伤亡很大，幕府专使板仓重昌在1638年元旦的总攻中校击毙。正月初三，幕府宰臣松平信纲赶到岛原，调集各藩军12万余人，加紧围攻原城，同时勾结荷兰军舰，从海上炮轰原城，但始终没有攻克。
由于起义军长期困守孤城，终于粮弹告竭，只能吃草根树皮。2月21日，起义军实行反攻，因双方力量悬殊，没有成功。2月17日幕军全面总攻，起义军一边祈祷进入天国，一边拼死抵抗。28日幕藩军队付出了死1700人、伤万余人的代价才攻陷原城，时贞以下主要人员全部战死，被俘义军包括婴儿母子全部被残酷杀害。
影响
幕府怀疑西方传教士与起义有关，于是驱逐葡萄牙商人，并严格禁绝天主教。幸存的教徒被迫成为了地下教徒。此后到18世纪中期，日本本土再没有发生大规模的战争。对基督教的禁绝直到明治维新时期方取消。
事后幕府调查时，调查者在松仓胜家住宅的桶中发现农民的尸体，因为此事而被幕府没收领地并被斩首(通常幕府对大名的处断是较为名誉的切腹，松仓胜家是德川幕府历史中唯一被下令斩首的大名);此外，当初对天草地区检地时给予过大石数判定而导致居民生活困苦的唐津藩主寺泽广高已死，但其子次任藩主寺泽坚高同样被问罪而没收天草领地，之后精神异常而自杀。
1647年，天草成为幕府的直辖领(天领)。被任命为天草代官的铃木重成一方面劝诫居民改宗佛教，一方面致力于复兴当地。但铃木统治天草时，开始怀疑当年寺泽广高检定的石数(农田收入三万七千石，桑、茶、渔业与盐业的折合收入五千石，合计四万二千石)过高而决定再次检地，并且多次向幕府提出将天草的石数减半为二万一千石的要求;在多次被幕府以没有先例的理由拒绝后，铃木在1653年于江户自宅留下年贡减半的请求书后切腹自杀。幕府震惊之下才开始检讨石数减半的决策，继任天草代官的重成养子铃木重辰同样多次请求石数减半，最后在1659年天草地区的石数终于得以减半，铃木重成、重辰等人也在天草当地受到长久的奉祀。
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