吴良辅其实是被孝庄太后处死的，而吴良辅染指后宫之说，完全是后人臆加上去的，这种猜测完全经不起推敲。
大清入关之初，年轻的顺治帝很清醒地认识到“宦官误国”的巨大弊端，于是乎他规定大清的太监从此以后不能像明朝的司礼监一样，既让他们读书，还让他们参政甚至是执政，顺治严格限制了太监的品级和职能，让太监回归到了他们本该有的地位，在《清史稿》中，就记载了顺治定下的“铁律”：
“朕酌古准今，量为设置，级不过四品。非奉差遣，不许擅出皇城。外官有与交结者，发觉一并论死。”
太监不允许擅自出皇宫，否则死，太监更不能够和朝廷官员结交，否则也是死路一条，而顺治帝还将这些规定写在一块铁碑上，立于交泰殿面前，颇有一副“违者，人人得而诛之”的景象。
这就是清初的太监地位背景，比起明朝初年更低，可问题也来了，就是顺治在执行打压打击太监的同时，他竟然养出了一个“大太监”。
这个大太监，就是吴良辅。
顺治登基时极为年幼，而朝政又被多尔衮所把持，所以顺治大多数时候都只能和太监在一起相处，在这个过程中，顺治和吴良辅培养了深厚的感情，所以吴良辅虽然是太监，他本人在宦官这个体系中又是特殊的，顺治大力打压宦官，却把吴良辅当心腹，随着多尔衮慢慢放下权力，顺治想要亲政，就只能先让身边的宦官出去“接触”。
随着多尔衮去世，顺治彻底亲政，吴良辅的地位越来越高，他在皇宫中有着极大的话语权，在外朝也同样有关系网。
而吴良辅也确有能力，不是那种只会一味讨好皇帝的太监。
鉴于清初太监机构的简陋，吴良辅提出了效仿明代的二十四衙门从而建立“十三衙门”，以便更好侍奉大清的皇族。
所谓“十三衙门”，分别是：
司礼监、御用监、御马监、内官监、尚衣监、尚膳监、尚宝监、司设监、尚方监、惜薪司、钟鼓司、兵杖局、织染局。
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从这十三衙门的名字大多数带着“监”的特征就可以发现，十三衙门本质上就是以“宦官”为主机构，而吴良辅又是十三衙门的推动者，自然是这些宦官中最有资格掌管的人，吴良辅也自此开始走上权力巅峰。
要说十三衙门的设立是否违背顺治自己定下的规矩，其实这也不算是，因为十三衙门终究是属于内务部门，隶属于内务府，顺治只是说了不允许宦官随意外出以及结交外官，所以给予十三衙门在一定程度上的权柄，这是说得过去的。
比起明朝的“二十四衙门”，十三衙门其实被很大程度削弱了职能，因为在数量上，十三衙门既比明朝少了十一个部门之多，而且还只能由宦官管理，在明代，二十四衙门还有大量的品级官员在衙门任职，到了清代就只能让太监管理了，这不就是变相地削减其职能范围吗？
相应的，太监也理应受到朝廷的削弱和管理。
可问题来了，吴良辅凭借着与顺治的关系，是不是会“越过”底线呢？
答案就是：会。
十三衙门看似只管着内务这一亩三分地，但问题来了，这十三衙门里有一部分机构是要让太监和外官打交道的，而吴良辅作为顺治身边的红人，其他官员会不会起结交的心思，除此之外，就算顺治知道了吴良辅和其他官员私下有所往来，是不是会“睁一只眼闭一只眼”？
顺治虽然对外人从不心慈手软，但他对身边的人向来都是很宽容。
就这样，吴良辅这个太监走上了“贪腐”的道路。
靠着职务便利，吴良辅常常走出宫门与其他外官结交，而吴良辅虽然是太监，可他也并非没有自己的亲人，自古以来，太监最不考虑的就是自己的血脉传承，但永远重视皇帝和自己尚且在世家人的利益，所以吴良辅是存在贪腐动机的。
顺治十年时，朝堂爆发“北党”和“南党”之争，北党首领陈之遴和南党首领陈名夏互相争权引起了满人的不满，而刚刚好，这些党争有牵扯到了以吴良辅为首的宦官群体。
注意，是牵连到宦官群体，而并非只是吴良辅一个太监。
陈之遴本是明朝进士，父亲更是大明顺天巡抚陈祖苞，可陈祖苞因为防守清军入侵的时候失利，从而被崇祯革职下狱，陈祖苞不久后畏罪自杀，崇祯愤怒无比，既然陈祖苞死了那就责罚他的儿子，命令榜眼陈之遴永不能在大明当官。
被大明抛弃后，陈之遴便有了投清的底气，而顺治对陈之遴也特别看重，几乎年年都有升他的官，陈之遴在顺治朝最高当到“弘文院大学士”、“太子太保”的官职，可谓是当时数一数二的汉人大臣，也难怪可以成为“北党”的首领。
但关于陈之遴的“晋升”，有人提出了质疑，比如给事中王桢他就指出，陈之遴明明就是前朝的“废官”，为何在大清反而步步高升，言外之意，就是说陈之遴有“关系”。
也是党争爆发后，才让陈之遴的朋党事发，不久后被彻查，就找到了陈之遴和吴良辅的“结交”、“舞弊”、“受贿”等等证据，而顺藤摸瓜，又发现吴良辅不仅和陈之遴有所来往，还跟很多官员有着一样的交集。
东窗事发，顺治帝此前可能知晓，但他瞒不住天下人，更别说吴良辅就是在“打”他的脸，明知故犯，当时的朝堂还有孝庄太后纷纷要求顺治帝处死吴良辅，而顺治帝却犹豫了，在一番权衡下，顺治帝以“牵连过多”，反而将陈之遴革职便算结案，顺治的处理方法让人诟病。
保太监，废大臣，这是什么操作？
所以关于处死吴良辅这件事，在顺治十五年的时候朝堂的呼声就已经很高了，但顺治非要保住他，没人能奈何吴良辅，宦官无权干涉朝政，犯同样的，朝廷的大臣也不能通过他们的司法程序来审判吴良辅，吴良辅说到底就是顺治的私产，一切都由顺治说了算。
可顺治能保吴良辅一时，却保不了一世，顺治十八年，顺治决定给吴良辅一个选择作为“替死”，那就是出家为僧，从此脱离红尘。
吴良辅自然是应允，面对顺治的保护，他早已经死而无憾了。
顺治在位时，他极其钟爱董鄂妃，其他的什么皇后妃子一概被冷落，包括康熙的生母佟佳氏都是如此，而董鄂妃和吴良辅的感情也很好，吴良辅知道讨好董鄂妃就是他前途所在，所以有着董鄂妃的青睐，吴良辅根本不可能被杀。
但也是吴良辅出家，间接“害死”了顺治帝。
顺治十七年，董鄂妃去世，对董鄂妃用情至深的顺治悲痛欲绝，而在佛教中，如果有一个人能为去世的人“日夜祈福”，那么就能令逝者有一个好的来生，顺治思来想去，便让吴良辅出家，面对为董鄂妃祈福的选择，吴良辅二话不说答应了。
几个月后，顺治为吴良辅选好了北京的“悯忠寺”，让吴良辅在这里剃发出家，而顺治则是在一旁“观礼”，以示对吴良辅的恩宠。
也就是在观礼的时候，顺治帝就走出皇宫这么一趟，他便染上了天花。
天花在当时乃是绝症，顺治为了避免自己的几个皇子感染天花，在他们年幼时就将他们打发到宫外去住，其中也包括了年幼的康熙，但康熙运气不好，还是染上了天花，所幸孝庄和苏麻喇姑的不放弃与悉心照顾，康熙熬了过来。
但康熙熬过天花，这本就是当时极为难得的事情，康熙能行，顺治就未必能行，而顺治经历了董鄂妃的离世后，内心十分悲痛，对自己的生已然不看重了，于是在染上天花的一个星期内，顺治经历了病重最终病逝，没有一点余地可以挽回，顺治在临终前，安排了康熙继承皇位，此时的康熙年仅八岁，根本无法亲政，所以一切大权都由孝庄来把持。
在顺治驾崩后，孝庄立即对已经出家的吴良辅下了一道旨意，以他“变易祖宗制度”的罪名从而处死他，所以下令处死吴良辅的根本不是康熙而是孝庄太后，而孝庄给予吴良辅的罪名正是吴良辅此前的种种过错。
处死吴良辅的“程序”还是通过朝廷颁布的，而这个程序就是以康熙“圣旨”的名义公布出来，其中细数了吴良辅的五大罪过：
一、吴良辅违背了清太祖、清太宗不设宦官的政策。
二、吴良辅违背了顺治帝禁止宦官干政的政策。
三、吴良辅倡议设立十三衙门，实则以十三衙门为触手干涉朝政。
四、吴良辅贪污大量的粮食和金钱，克扣军人的饷银。
五、吴良辅甚至有意在顺治失意懒散的时候把持朝政，罪该万死。
五项罪名一出，吴良辅根本没有挽回的余地，而十三衙门也跟着吴良辅彻底烟消云散，但关于吴良辅的罪名中，根本没有吴良辅“淫乱”后宫的说法，吴良辅就是一个不折不扣的大太监，而大太监一般都是“彻底”的太监，与那些并不彻底的太监又是不同的。
事实上，孝庄太后是很“痛恨”吴良辅的。
因为吴良辅间接害死了顺治，当时的顺治正值壮年，只要不死那就是前途无量，当一个千古一帝不在话下，可就为了去观礼吴良辅出家，顺治染上了不能治愈的天花，最终死在皇宫中，孝庄一想起儿子这属于是“惨死”便悲痛欲绝，气便都撒在了吴良辅的身上。
除此之外，吴良辅也曾因为董鄂妃的事被孝庄视为“眼中钉”。
当年顺治特别宠爱董鄂妃，一度要将董鄂妃册封为皇后，试图废掉孝庄前后给他安排的皇后，面对顺治的疯狂行为，孝庄自然是不同意，于是在顺治的婚姻感情问题上和顺治爆发了巨大的冲突，母子一度失和，孝庄不得不善待董鄂妃来缓和母子矛盾。
但孝庄再如何善待董鄂妃，都不可能让董鄂妃当皇后，而吴良辅是顺治的心腹太监，自然也向着顺治和董鄂妃，他屡次站在董鄂妃的立场上和顺治的其他后宫斗，也就董鄂妃心地善良，不然的话吴良辅恐怕就要上演“后宫大乱斗”了，但即便如此、都没人敢保证吴良辅没有“暗算”过顺治的皇后们。
而顺治的皇后，一直都是孝庄太后的“娘家人”，她们代表了博尔济吉特家族的利益，所以孝庄太后痛恨吴良辅那是情有可原的，特别是他还有“挑拨”太后和皇帝关系的嫌疑，放在谁的手里，都不可能让吴良辅活。
关于处死吴良辅一事，只能说是康熙童年记忆里的一个片段，康熙无权对吴良辅做出审判，他还要经历鳌拜的专权数年才开始走向成熟，康熙和顺治的人生轨迹很少，冲龄登基，背负的责任和智力、思想完全不相符合。
或许康熙长大后回头看，也会觉得吴良辅做得不妥吧。
至于吴良辅和他的母亲有染这事，康熙可能也想不到后人还能杜撰出这么一个故事来。
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