撰写：生信小师妹 来源：小张聊科研平台的“ i生信”公众号，微信公众号搜索“ i生信”即可关注/扫描关注见文末
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选择性聚腺苷酸化(Alternative polyadenylation, APA)是真核基因表达调控的一种机制，能够产生不同3’UTR长度的异构体，广泛存在的APA影响mRNA翻译、稳定性和定位的转录后基因调控，并表现出强烈的组织特异性。今天跟大家分享一个可研究APA组织特异性的数据库：APAatlas（网址：/）。
数据库数据信息
该研究利用GTEx数据库中的RNA-seq数据，从53个人类组织的9475个样本中系统地鉴定了APA事件，并研究了它们与多个性状和跨组织的基因表达的关联。
数据库功能
（1）APA事件的量化
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该数据库利用DaPars和SAAP-RS两种算法，根据RNA-seq数据量化了长和短3’UTR异构体在远端polyA位点使用指数（PDUI）中的百分比，而且发现DaPars识别的APA事件明显多于SAAP-RS。
（2）探究APA事件组织特异性
基于APA事件的量化结果发现，脑组织倾向于有较长的3’UTR异构体，而血液和睾丸组织倾向于有较短的3’UTR。此外还发现有几个基因在脑组织中比在睾丸和肝脏中更倾向于有长的3‘UTR异构体，这与以前研究的结果一致（3-5）。为了确保足够的统计能力，最后对于每个基因，作者使用Wilcoxon检验（两个组织）或Kruskal-Wallis检验（三个或更多组织）来检验组织间APA事件的显著差异。
（3）挖掘APA与性状之间的关联
为探究APA与性状之间的关联，对于连续性状（年龄、身高、体重和体重指数），作者用Spearman等级相关法计算相关系数（Rs），对于分类性状（性别、种族、自溶评分和缺血时间），使用Wilcoxon检验（两组）或Kruskal-Wallis检验（三组或更多组）来检验性状组之间APA的显著差异。
（4）APA和基因表达之间的相关性
使用Spearman's rank correlation来计算APA和基因表达之间的相关系数（Rs），进而可筛选与目标基因显著相关的APA。
数据库使用指南
（1）在"Landscape"页面上查询，选择算法、组织类型，输入要查询的基因名，会输出一个结果表，并提供基因结构图以显示APA位点的确切坐标，并提供boxplot图以显示整个选定组织的APA景观。
（2）在"Trait Relevance"页面可以选择感兴趣的性状，查询结果每个性状中都会给出boxplot图（用于分类性状）或Spearman相关点图（用于连续性状），以显示APA事件和性状之间的关联。
（3）在"Expression Correlation"页面查询给出表达与目标基因的PDUI显著相关的基因的FDR的表格。还可以进一步检索每个相关基因的Spearman相关点图。
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