彭加木失踪到现在都是个迷，就像雍正继位一样，一直让人们着迷想解开，彭加木失踪有好多个版本，流传最广的就是当时营地里缺水，队员用对讲机呼叫基地，基地回复用直升机先送来500公斤水，但当时在哪个年代用直升机送水，一向节约惯了的彭加木认为太浪费了国家财产了，于是想要自己去找水，这一去就再也没有回来，有的说遇流沙了，有的说被动物吃了等等。彭加木失踪后，国家调用十几架飞机，几十辆汽车，几千多人地毯式寻找，无果。
很多人质疑一个失踪的科学家为何会动用巨大规模的力量进行长周期和大规模的搜索？这就不得不提前几次彭加木进入罗布泊科考的经历了，对于第二次科考的评价原话是这样的：此行取得了许多骄人的科研成果，为国家寻找到了许多稀有的宝藏。这次科学考察发掘填补了我国一些重大科研领域的空白，纠正了外国探险者的一些谬误！也就是说此次科考很可能发现更为重大，根据官方透露彭加木当时出去找水的时候，随身携带的物品有两个相机和一个笔记本。这些东西可能记录着极其重要的信息。
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一种说法是上世纪50――60年代，传说罗布泊一古城遗址有文物，部分青年人去罗布泊寻找文物，之后得了一种怪病，或疯或死，其死者胃内发现不明植物，继而发现一种不明病毒，之后国家派专家学者进行科考，但文革运动中断。文革结束后此不明植物及其病毒对军事价值很大，所以再次进行科考，而组织者正是军事机构，这里大家就明白为什么会让病毒专家彭加木去带队的原因了，按照民间传说的版本，彭加木已经搞到了病毒样本，而且这种病毒具有传染性，一旦侵入人体无法医治，具有极高的军事价值，遗憾的是这些信息随着彭加木失踪而消失，是否真实，仅仅是个传说。
据非正式记载，在彭加木第一次进入罗布泊之前，这个地区出现了大量的“镜面人”和“僵尸人”，给当地民族造成不小的恐慌，为了弄清事情真相，彭加木第一次进罗布泊考察，那么这一次考察他发现了什么呢？是的，这一次彭加木有了重大发现，他带回来了闻名于世的双鱼玉佩，当科学家在实验室复制出一条一模一样的金鱼时，他们才意识罗布泊“镜面人”出现的原因，更对双鱼玉佩的神奇功能感到不可思议，这才有了彭加木第二次入罗布泊。其实这次彭加木是带着寻找超级植物的目的来的，正是这种植物导致了僵尸人的出现，那么这一次发现超级植物了吗？没有人知道，但是他却发现了另一处规模不小的，超时代文明的电子设备。当他向组织报告了他的见闻后，引起了组织相当大的重视，这才派出包括各方面专家、军人的考察队伍，第三次入罗卜泊，正是这一次彭加木失踪了，从组织花费大量人力、物力、财力去寻找来看，彭加木很可能发现或是掌握了超时代电子设备的运行方法，而这样的发现对国家而言是不可估量的。
彭加木失踪这件事，据说当时被列为世界二十件未解之谜，当然也被列为新疆罗布泊之谜。近四十年来对彭加木失踪之谜流传的版本很多。但是，当年彭加木究竟因为看到了什么，才一个人冒险出去？求支援的电报已发出去了，耐心等待，还能坚持两天的。他的走失，无疑是蹊跷的。彭加木是生物学家，并非探险专家或地理地质学家，所干工作与其身份不很符合，他去罗布泊，目的是什么？直到今天，仍疑点重重。
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