1851年金田起义，太平军如猛虎下山，由广西北上直进湖南、湖北，打下武汉后再沿江东下，夺九江、安庆，挟千里席卷之势直入金陵，开始建造“人间小天堂”。1853年定都天京后，太平军继续西征、北伐和东进，战火燃遍了大半个中国。
天京变乱之后，天国元气大伤，虽有干王、忠王和英王等人的全力支撑，但已经无法挽回太平天国的颓势，最后终于失败了，它并未建立起“人间天堂”。
这场旷日持久的农民战争，使得曾经人烟稠密的江南，在绵延战火中变成人烟寥落之区，曾经延续了数百年之久的富庶繁华顷刻之间化作过眼云烟，取而代之的是一派萧条惨败。
这是一场真正意义上的大悲剧，它持续时间之长，规模之大，损失之惨，影响之远，在中国历史上都是史无前例的。
苏南地区：往往二三十里，不见居民，有的地方人口仅存五分之一；
皖南地区：“野无耕种，村无炊烟，市人肉以相食”；
浙江省：一派凄凉，道馑相望，昔日温饱之家，大半成为饿殍；
在这场浩劫中，究竟死了多少人？
当代人口史学者在确凿的史料基础上对此重新进行估算，有的学者则将战前的人口数据与1911年宣统人口普查资料进行对比研究，认为太平天国给江苏、安徽、江西、浙江、湖北直接造成的过量死亡人口至少达5400万，如果再考虑到太平天国战争的其他战场湖南、广西、福建、四川等省的人口损失，那么太平天国战争给中国带来的人口损失至少在1亿以上，直接造成的过量死亡人口达7000万。其中以江南的人口损失最为惨重。
单就人口损失而言，太平天国战争就不仅是中国历史上空前的浩劫，而且也是全人类历史上最惨酷的战争，第二次世界大战也就造成了5500万人口的过量死亡。
距离太平天国的小天堂“天京”东南不远处，有一座以“天堂”之名著称的城市-杭州。在战争后期，这个天堂之城遭遇了有史以来最惨烈的战祸。
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1、 杭州城第一次陷落
咸丰八年（1858年），翼王石达开由衢州府之江山、常山、开化攻入浙江，在衢县与清军激战。其部将石镇吉军攻克处州府之遂昌、松阳、丽水、缙云、云和、宣平等县，占据金华府之武义、永康，随后掉头率大军由处州入福建。
太平军第一次入浙江，已经打到杭州府辖区的边缘了，却掉头而走，杭州人虚惊一场。此后几年，清军和太平军围绕着天京城在长江中下游来回拉锯，战火距离杭州不远，但没有蔓延过来的迹象。杭州作为东南经济富庶地区的重镇，承担着清军粮饷供应的很大一部分。
作为一省的首府，本城百姓大都生活优裕，文恬武嬉。作为一座消费性城市，商品经济发达，城内百姓无论贫富都没有屯粮储备的习惯。
咸丰十年（1860年）正月初九日，李秀成与李世贤率军由皖南进军浙江，计划是要以围魏救赵之计作出攻击杭州的态势，调动围困天京的江南大营清军主力南下，然后再回援天京打破江南大营。
太平军第二次入浙后，李氏兄弟部队连续击败清军，两军在安吉会师后攻占长兴。
整个杭州城方圆36里内，在太平军入浙之初只有八旗驻防兵2100人，清朝官吏们闻讯一片大乱。两江总督何桂清、浙江巡抚罗遵殿急忙向周边各路清军求援。江南大营的张玉良紧急带兵来援，浙江省各地包括周边四省各防区的清军募勇、绿营纷纷赶来援救。
二月十三日李秀成所部从长兴出发，从莫干山小道行军，翻越天目山，十七日攻占余杭独松关，十八日前锋过良渚、勾庄，十九日由大关方向扑向杭州城北武林门。这一路上，太平军几乎没有遇到什么抵抗，如入无人之境。
十九日早晨，太平军突然出现在武林门外时，有一支号称“宝胜勇”的清军部队和八旗驻防军一部在城头巡逻，全城上下对太平军的突然袭击毫无防备，依旧以为太平军还在湖州作战。前一日良渚被太平军放火焚烧时，杭州城内的官吏以为只是土匪闹事，没有加强警戒。太平军前锋化妆来到城下，自称是宁防清军前来支援的部队，打算混入城门。宝胜勇统领、候选道陈炳元在城头认出了太平军士兵，急令关闭城门，城头的八旗副都统来存也赶紧命令手下开炮轰击，太平军先锋部队只能退回。
城内除旗营八旗驻防兵外，守城清军包括浙江巡抚罗遵殿的抚标亲兵、宝胜勇等等在内大约有四千兵力。李秀成在这一天亲领部队包围了杭州城，前锋部队首先冲到西湖边的天竺灵隐寺一带，搜寻本省的高官显贵，但一无所获。
其实，在前一年十月份，李秀成的围魏救赵战略还是纸上计划时，已经派出间谍来到杭州城侦查敌情了。1859年是乡试之年，由于江南地区大半陷入战乱，因此咸丰九年乡试是借用杭州城来举办安徽乡试。十月份有万余安徽考生陆续进入杭州城，太平军间谍就是混在皖中籍乡试举子中来到了杭城。
间谍们打听到一个消息：二月十九日是观世音大士诞辰纪念，每年杭州城的省级高官都会去天竺上香拜祭。因此，李秀成选择这一天发动对杭州的突袭，原计划先锋部队是要在天竺寺庙内把浙江全省的高官显贵们一锅端的。
但是，太平军的间谍们不专业：实际杭州城的省级官吏按惯例是在前一日即十八日预先去天竺山观音殿拜祭的，而十九日的正式祭拜日是留给一般平民和低级官吏的。十九日那天，突袭的太平军只是在天竺山冲散了一队去烧香的官兵。
太平军在这一天没能混入杭州城，也没能对浙江省的清廷高官们实行“斩首”计划。奇袭无效后，李秀成指挥部队包围了杭州城所有十个城门，开始了对杭州的第一次围攻。
十九日之后，数万太平军陆续在西湖边岳坟、净慈寺、凤凰山、馒头山等地建立十数处营寨，从万松岭上发火箭入城，并炮击城墙。清军烧毁昭庆寺（现在的少年宫），太平军也连日在西湖边焚烧民房，火光冲天、烟雾弥漫，城内一日数警，约80万居民困在城中，人心惶惶。巡抚罗遵殿在城内募兵勇守城，招收了一批游手好闲的游民，毫无纪律和斗志。清军数次出击也都被击败，只能困守城池，周边几路援军都迟迟未到。
江南大营将领张玉良带领13000多援军奔赴杭州，在路过两江总督何桂清驻地常州时，何桂清有意救湖州不救杭州，使尽各种手段拖住这支部队在苏州和湖州多停留了几天。
二月二十五日，浙江提督米兴朝带着两千清兵救援杭州，被太平军击败。此后一天大雨如注，城外炮声停息，城内百姓略感到安心。但是，二十七日早晨，西湖边清波门一带城墙忽然在巨大爆炸声中崩塌，太平军挖掘地道埋设的炸药成功起爆。。
修复后的清波门
城破后，太平军由缺口涌入，第一次攻入杭州城。巡抚罗遵殿带着几百亲兵奋战，浑身是伤，几度昏迷，苏醒后继续作战，最后全家人喝药殉死。城头守军当时一哄而散，崩溃后纷纷缒城出逃，逃不出去的在城内乱窜，市民把他们当做叛贼而起冲突……杭州城内一片混乱，从巡抚到知府、知县等各级官吏有几十人或自杀，或被杀。宝胜勇统领陈炳元也在巷战中被太平军所杀。
城内只剩旗营还在清军控制下。太平军入城后，纪律混乱，抢劫杀人强奸之事频发。也有部分人保持了纪律，由钱塘门方向攻击旗营，杭州将军瑞昌、副都统来存等人深知万一城陷，满城老小在太平军刀枪下必定无一幸免，因此全城八旗子弟都奋勇守城，连妇女都持矛上了城墙参战。居然还有逃难入旗营的汉族百姓，也帮着守城，这是杭州八旗驻军和本地百姓百多年唯一一次携手共度时艰。太平军连攻数日，都未能攻破旗营。
进城后，太平军的很多部队没有解放者的样子，也没有要保护平民百姓的意思。城内火光四起，杀人抢劫事件一直到清军收复杭城才停止。
很多妇女为避免受辱而投井自杀，仁和县训导、余姚人吴麟书为保护自己年轻貌美的女儿，在和太平军士兵争斗中，父女俩一齐被杀。（《庚辛泣杭录》卷十四）
三月初二日，江南大营的张玉良部清军前锋600余人，坐船赶到武林门外，这才从溃兵或者难民口中知道了杭州城已经被攻陷。清廷上下得知东南重镇、粮饷之源杭州被太平军突袭攻占，浙江省高官被一窝端，大惊失色、惊慌失措之余，严令各部立即收复杭城。
初三日，李秀成在得知张玉良部清军已经出现在城北方向，知道自己的围魏救赵策略已成，立即带领主力部队离开杭州，经天目山小路直驱皖南，汇合各路太平军之后发动了二破江南大营的战役。
而在杭州城，到达城外的张玉良被太平军在城头到处插着的旗帜忽悠了，迟迟不敢进城。直到杭州将军瑞昌发觉了太平军已经离开，派人出城联络时遇上了张玉良所部，张本人才得知太平军已经退走，赶紧派兵进城，宣告杭州城业已收复。
此次杭州城陷，除了旗营死守六日得以保全，还有众安桥北下城区，因为锡箔铺、机坊的机户工匠集中，人心齐，筑土城与太平军巷战，因此钱塘、武林、艮山、太平四门之人受害者少。城西南靠近太平军入城处，且接近旗营所在，灾难最为深重，全城在几天内被屠杀近14万人。（佚名《东南纪略》，光绪年间刊本。《太平天国文献汇编》第5册，第232页。）
守城清军在城陷时不足四千，大半逃亡出城，除了死守旗营的八旗兵，在城内的基本是巡抚亲兵之类，大都在巷战中被杀了。清军纪律也极差，旗营的八旗兵在太平军撤退后，出营大肆抢劫百姓。
在城陷的六天里烧杀抢掠、强奸放火的确有流氓、溃兵乘火打劫，但毫无疑问这些罪行大部分是入城太平军士兵干的。李秀成此次攻陷杭城，没有在此占据经营的长期打算，可能因此就没有讲究部队纪律。
多年以后，幸存者多方收集、统计得到了九万七千人的姓名，这是杭州城第一次被攻陷后留下了姓名的死难者人数。应该还有很多不知姓名的流民死在城内，永远不会有人知道他们的名字和故事了。
2、 杭州城的虚惊
杭州城收复之后不过三个月，1860年六月，清军非常讨厌的“四眼狗”英王陈玉成部太平军突入浙江省，十一日占於潜，十六日占临安，十九日占余杭，从卖鱼桥方向逼近杭州城。
二十日，清军总兵刘季三所部四千余兵力在拱宸桥一带击退太平军，但太平军后路大军已经陆续赶到，总兵力有七八万。杭州城内的杭州将军瑞昌、新任巡抚王有龄联名上奏请求曾国藩出兵援助，各路清军也急忙向杭州城靠拢。
六月二十二日，清军发现太平军有后退迹象，集结杭州所有能够出战的兵力出城攻击驻守三墩的太平军，第二天用炮轰开城墙，太平军随即弃守余杭西撤。
陈玉成此次袭击杭州，只是为与李秀成部攻打上海相呼应，牵制浙北清军兵力，现在整个浙北的清军都在增援杭州，战役目标已经达到，陈玉成立即由杭州周围撤兵，退回皖南继续去保卫安庆。
杭州城再次虚惊一场。
同年十月，侍王李世贤所部太平军再次入浙，由西南方向扑向杭州，陆续攻占新城、临安、余杭、富阳，十一日逼近杭州城。然后，太平军虚晃一枪掉头走了。
杭州城再再次虚惊一场。
当年的十二月份，李世贤所部再次入浙，攻占临安、余杭、桐庐，1861年二月，清军副将贵廷芳反攻夺回余杭、桐庐，太平军再次退走。
杭州城再再再次虚惊一场。
这些杭州周边的拉锯战只是太平军策应安庆会战的机动作战，但却时刻牵动着杭州人的心，有能力、有财力的高官富商开始离开杭州去上海或者乡下避难。受战乱的影响，大量避难人口纷纷避入江南唯一的安全区域——上海租界，“江浙两省绅商士庶丛集沪城”。不过，杭城民间仍然照常嫁娶、庆寿、交易，异常热闹。运河上每日来往船只运送粮食无数，居民习惯了随时可以买到粮食的日子，普通人家几乎没有存储五日粮的。
1861年9月，安庆被清军攻占，陈玉成被杀，其部队全军覆灭。至此太平天国已经丧失了长江上游的战争主动权，清军与太平军交战的重心转到了下游江南地区和天京周围。
在安庆会战中消极避战的李氏兄弟现在表现积极，他俩打算把浙江省经营成自家的地盘。
此时的浙江巡抚王有龄曾经在浙江多地任职，当过湖州知府、杭州知府等。他虽然读书不行，但做事有才干，为百姓做了很多实事，官声一直颇佳。
王有龄与两江总督何桂清算是“发小”，因此在何桂清多次力荐下，他的升迁之路也很顺畅。但也使得王有龄有点膨胀，变得独断专行，在两江官场多有诟病。在风雨飘摇的杭州城，王有龄努力稳定局势，加强防御。
1861年5月3日，李世贤部大举入浙。安庆失守后，李秀成把主力也转向浙江。李世贤攻占金华、衢州，以此为基地北上，农历九月十日与李秀成联军出击杭州城。
这一次太平军入浙，是做了长期经营的打算，发动和联络了不少的本地势力，并且分兵四出攻打杭州周边府县。
3、 杭州城第二次陷落
九月二十一日，太平军前锋由三墩、余杭塘进至杭州城墙下，清军大惊之下退回城中。二十三日，李秀成亲率大军到达杭州城武林门外卖鱼桥，开始指挥大军围城。
王有龄飞檄周边清军入援，几天之内布政使林福祥、副将杨金榜、总兵饶廷选、米兴朝等先后领兵来到杭州城。王有龄以总兵饶廷选为总统领全军，饶部署林福祥屯兵望江门外，副将杨金榜驻军城南馒头山。杭州城防此时才算是初步完备了。清军有数万人集结杭城内外，但王有龄很清楚大多数清军是募勇，缺乏训练，守城有余，野战必败。因此，他守城原则就是消极防御，固守待援。
这时，王有龄等人才发现全城无十日粮，开始向周边府县求援。
已经迟了，太平军九月二十四日攻占了萧山，二十六日攻占诸暨、二十九日占绍兴，杭州府周边余杭、富阳等地皆被占，只剩海宁一城困守。九月二十七日后，杭州城十门紧闭，与外界的联系完全中断，粮饷军火的补给通道也断了。
李秀成一开始攻城很猛，一度误入西湖上的苏堤，被清军水师炮船围攻，在无遮掩的苏堤上太平军被枪炮轰击，损失惨重，不得不退回岳坟一带。此后，李秀成开始做长期围困杭州城的打算。
十月二日太平军大将陈炳文、童荣海攻占馒头山清军营垒，清军副将杨金榜兵败自杀未遂，被俘虏后击杀。随后，望江、凤山、候潮各城门外清军堡垒一一被攻破，清军主将饶廷选从万松岭退入城内。杭州十城门外的清军营垒全部丢失，太平军的营垒遍布周围，杭城被合围了。
到了年底，整个浙江全省除了温州一地，只剩下杭州城和海宁还在清军手中。
十月五日，清军提督张玉良收集数万溃兵从富阳来援杭州，打破多处太平军营垒，但在杭州城下受阻。十九日晚，张玉良被太平军发炮击毙。也有人报告说是张玉良进城商议守城事宜后回营，在路上被神经高度紧张的清军士兵开枪误杀了。张玉良部队是杭城被包围以来，唯一一支清军援军，王有龄对他抱有很大期望。不管事实如何，这名清军悍将死在了杭州城下，杭州巡抚王有龄的绝望感更加沉重了。
提督总兵饶廷选收拢了张玉良的溃兵，困守城内。这位的守城策略比王有龄还保守，拒绝任何出城骚扰突击的企图。王有龄有时强令他出城短促突击一下，指望能打开一条粮饷通道，总兵饶廷选就会推诿一番，实在不行就派兵在城头对天放空枪应付一下。总之，就是不愿出城。
李秀成一开始还打算用地道爆破攻城，在清波门、凤山门等处掘地道。清军上回吃过地道爆破的大亏，早就有所准备：他们在清波门黄泥潭和凤山门外也挖地道，破坏了太平军的坑道。李秀成见城内清军还有力气抵抗，下令在杭州海潮寺到凤凰山筑木城，架大炮轰击，做长围久困打算，以饥饿为武器坐收奇功。十一月初之后，两军只在凤山门一带有过短暂激战，大多数时候都在互相对望。
十月份杭州城内已经出现粮荒，一升米值一两银。官府号召富户捐粮，但是富商大户家也没有粮了，倒是收到几十万铜钱、银子。王有龄很是苦恼：现在是城里无粮，即使有钱也买不到粮食，也没地方去买啊。
外界这时也知道了杭州城内缺粮的信息，江苏巡抚薛焕以及著名商人胡雪岩都曾经在上海组织了几批粮食军火，用船运入杭州湾钱塘江口，冒险赶到了海宁城的澉浦码头，换成小船后再到螺蛳埠。这里驻扎的清军况文榜部，从浦江突围来到杭城附近后和张玉良联手企图给杭州解围，但是被击败，只能守在螺蛳埠，是距离杭州城墙最近的一支清军部队。
艮山门水门
清廷组织的补给救援船队，最近就只能到这里了，物资得靠况文榜部转运。从战后的记录来看，这几批粮草军火有的被况文榜部队私吞，有的被太平军截获，有时干脆连船带人都逃遁不见。而杭州城内始终没得到一星半点接济。
杭州城被合围几十天之后，十一月初城内完全断粮，又时值寒冬，大街小巷出现了大量的冻饿死者。一石米的价格到了百金都无处可买，药材、零食都拿来充饥。百姓吃草皮树根、飞鸟鱼虫、水中浮萍之后，灯笼皮罩、牛皮箱都被人吃了；军队一开始杀马，每个士兵分二两肉。最终，人吃人的惨剧到处出现了。城内70多万人，大多数人家关门闭窗，晚间不敢点灯，不敢发出一点声音，生怕被人注意到了惹来惨祸，就算是自己家门口横尸遍地，也不敢出门一步。
曾国藩此时被任命为统管江苏、安徽、浙江的军事，朝廷命他和左宗棠尽力去救援杭州。但曾国藩此时全力围攻天京，左宗棠按照曾的部署在浙贛边界设防，不想也没有余力去救援杭州。王有龄秘密派人送出了“鹄候大援”四字求援血书，曾国藩只是叹息“鞭长莫及”，并无任何动作。
杭城高官们坐困危城，无计可施。一群群饥饿士兵闯入富户家中搜寻粮食，找不到就抢劫杀人，民众聚集起来与士兵互相砍杀，兵民相见如仇敌。巡抚王有龄亲自带人上街整顿秩序，抓了不少士兵，打算一律处斩。饶廷选劝他别这么干，会把这些饥饿的士兵激反的。
王有龄只好把这事交给仁和县知事吴保丰处置。吴保丰原先是江南大营粮台派驻杭州的官员，后来因为办事得力被留在杭州。他接了这烫手活，只处理了为首的兵痞一名，其余犯事的士兵一律都给放了。
城内早已人心不稳，十一月初九日就有清军士兵出城投降，本月中旬有城内百姓私通太平军要做内应，被王有龄的人及时察觉抓获。
但是，饥饿已经彻底击垮了守军的士气。1861年十一月二十八日凌晨，围城满两个月，李秀成得知有大队清兵出来投降，立即命令谭绍光、邓光明、陈炳文、童荣海领兵分从凤山、候潮、望江、清波四城门越墙而过，太平军第二次攻入杭州城。大部分清军已饿得动不了，几乎没有抵抗，见太平军来了纷纷投降。
仅有仁和县知事吴保丰带着亲兵想冲出城去，因为他曾放了犯事士兵，士兵们很忠心地保着他打退了几路太平军。最后吴保丰在板儿巷被大队太平军包围，只剩自己一人后被杀。
这次入城的太平军纪律很好，没有乱杀人。不过，巡抚王有龄和他的家属、女眷及浙江大小官吏五百余人集体自杀，以死殉节，现场惨不忍睹。临死之际，因担心太平军会屠城，特给李秀成留下遗书：“饥不食腐鼠，渴不饮盗泉”，请求不要屠城。王有龄忠诚爱民之心，使李秀成很感动：他原先还打算劝王有龄投降，但王抢先在府衙上吊自杀了，李秀成此后重金雇人送他归乡厚葬。王有龄算是一个好官，可惜时运不济。
杭州将军瑞昌还在旗营满城内据守，但这次他没机会熬过去了。在招降旗营无果后，李秀成下令攻打旗营。十二月初一日，守了两天的旗营被攻破，瑞昌等将领点火药桶自爆，满城内男女老少几乎全部被杀。
城内70余万军民因冻饿死亡过半，大约只有30多万人还活着。太平军在围城战中死3000人，清军战死万余人。
4、 杭州城第三次被围
1861年底的天堂之城杭州已如人间地狱，尸横遍野、满目疮痍。李秀成入城后从嘉兴调来万石米和二十万贯钱救济杭州城。杭州城边的海宁不久也被太平军占领，此时的浙江全省除温州一小块地方外，已经完全成了李家兄弟俩的地盘，太平军取得了江南战场的局部胜利。但是，攻取杭州对太平天国全局上的意义并不大，军事上已经走向了彻底的被动。
1862年初，李秀成留下归王邓光明、天将童荣海守杭州，主力北上进攻上海。杭州城在太平军占领期间，成了一座大军营。太平军驻守城内和周围堡垒，初期进行了人口统计发放赈济粮，几天后将大多数男性居民留下，强征工匠等手工业者去军营干活，读书人去做文书工作。其余妇孺老幼大多数都被赶出城，分散到乡下去。太平军不打算为那么多的妇孺老幼生活负责，留在城内的只有少数女性。大多数被太平军拉去干活的男性市民，每隔七天发放一次粮食和钱币。城内所有商业活动被集中在所谓“买卖街”，城区其他地方不许做买卖。
这种城市占领政策是太平军的奇葩独创，在被占的江南各城市中都有实施。优点是无需供养大量人口、便于军民分离保持军纪、有利于城市防御。以军事强制的手段，把城与市（买卖街）从空间上隔离，使城市的格局与职能回归到它最原始的状态。
英国军官吴士礼1861年考察南京后说：“看来他们几乎要废去一切货币的使用，而将全社会回复到远古的家庭制度。”太平天国的城市政策使商业衰落到了极限。这种政策既不利于天国占领区内经济的发展恢复，也不利于天国征收商税，筹措军饷，更不利于从政治上争取与团结商人。
有个从天京被“裹挟”到杭州的文人李圭思，一直为天国将领归王邓光明的部下作书记员，曾经统计杭州城内太平天国人员包括“裹挟”的有六万余人，女的不及千人，应该是军队女眷。李圭思记载：太平军在城外设粥场，妇孺老幼统统赶出城去。城门出入都要检查身份，市民不能随便出入。士兵经常出城下乡搜集粮草，叫做“打抽风”，没柴火了就下乡拆民房。他和其余被裹挟的文人被安排在一处无人商铺内暂居，和一个从诸暨包村抓来的读书人商议如何逃跑。最后他利用为太平军出城征粮的机会，渡江逃离了杭州，穿越天国占领区，目睹太平军烧杀抢掠，九死一生终于到了上海，在亲友处谋得一份文书工作。（《庚辛泣杭录.李圭思痛记》卷十一）
太平军在浙江省的全盛期很短暂，高歌猛进后立刻就遇到了反抗。首先是浙东南民团团练在2月份反攻，十万多民团武装包围天台，5月初台州被团练收复。
李世贤2月底进攻温州，反复拉锯几个月，在6月份被清军击败被迫撤退。配合作战的天地会花旗军8月份在处州被清军击败，浙南地区至此全部被清军收复。
浙东方向，诸暨包村团练武装抵抗太平军九个多月，太平军动用十几万人大小几十仗才灭了包村团练，大量机动兵力被牵制在这里。清军及中外联合雇佣军“常胜军”、“常捷军”联合英法舰队，乘机在1862年5月10日晨攻击宁波城，在下午五点占领全城。
这年的2月，左宗棠升任浙江巡抚，准备反攻浙江。他的湘军在一整年时间里全力进攻李世贤的浙西防线，陆续攻占衢州、兰溪、龙游、金华等全部浙西州县。1863年3月左宗棠进驻严州，兵锋直指杭州。3月份，浙东清军和中外联军攻占绍兴、萧山，下一目标也是杭州。天国的浙省地盘，如今只剩下杭州和浙北一带。
1863年（同治二年）八月八日，左宗棠部湘军花了半年时间，与浙东清军、中外联军联手攻占富阳，正式开始围攻杭州。清军从水陆两路进逼杭州城，连营80多座，战线长达百里。太平军也从西湖到余杭连营十多座，听王陈炳文守杭州、康王汪海洋守余杭。由于李秀成在3月份把浙北三十万主力抽调去皖北，守杭州的太平军兵力不足。
左宗棠部署浙江布政使蒋益澧主攻杭州，屯兵城北留下，高连升在城南，屯六和塔，康国器（康有为的从叔祖，时任道员）主攻余杭，湘军和中外联军为攻城主力部队。
太平军守城以“守城必守垒”出名，以城周边各处要塞营垒为防守反击的要点，从不在城墙内困守危城。这种机动灵活的战术向来让清军头疼，左宗棠攻富阳时就花了极大功夫去拔除城周营垒。
但是，清军现在掌握战略主动权，以稳扎稳打为原则，仗着自家武器好、后勤供应线稳固，以湘军“扎硬寨打硬仗”的套路一步步地推进战线。
九月，清军主攻杭州，与太平军争夺六和塔营垒。洋枪队以火力优势击退太平军，湘军进占天马、南屏诸山。
十月十八日，陈炳文与邓光明率太平军精锐万余人，自杭州江边、馒头山、九曜山、雷锋塔等地，分4 路向清军反攻，被洋枪队及蒋益澧所败。
十一月二十八日，陈炳文及邓光明再次乘大雾出杭州，由万松岭进攻清军，也被洋枪队所阻。
1864年元旦，蒋益澧所部进抵钱塘门外栖霞岭，提督高连升、法国将领德克碑进攻凤山门外守军营垒，激战后夺九座营垒。第二天，湘军又攻占古荡营垒，守军至此丢失了几乎全部城外营垒，只剩一道杭州城墙防线。城内的原住民幸存者，不是被当做炮灰上了前线，就是在城内为太平军打造军火武器。
此时天京危在旦夕，安徽、江苏之地几乎失尽，浙江省所剩无几，形势恶化。
陈炳文遣其弟陈炳孝赴清营，写信给江苏巡抚李鸿章、浙江巡抚左宗棠议降，接洽献城具体事宜。
守余杭的康王汪海洋和陈炳文都是安徽人，不过汪海洋是天国后期的擎天柱。他得知消息后拥众冲入杭州城，斥责陈炳文，并将陈的弟弟陈炳孝、劝降的杭州举人朱汝霖等5 人斩杀，首级悬于小营巷陈炳文府门外。
陈炳文暂时性的动摇被遏制，重新投入到战场上。二月二十一日，清军和洋枪队“常捷军”以炮火轰击为掩护，全线猛攻杭州，轰开凤山门城墙数丈。陈炳文当先领敢死队在缺口处肉搏近战，击退洋枪队的进攻，击毙数百洋兵。
凤山门-最早是元末张士诚所建
城外所有太平军据点都已被清军攻占，杭州已不可守，陈炳文也不想守了。二十三日白天，两军鏖战整日，半夜陈炳文率部出武林门，弃城而走，与汪海洋会合后退往江西。
他走的很及时，当晚，比王钱桂仁以本部守军数千人献城投降，干了陈炳文没能干成的事情，杭州城被清军收复。
清军入城后，杭城内已经满目疮痍，就是要抢劫烧杀也无从下手了。左宗棠在给朝廷的报告中说：“……街市房屋已大半拆毁，闻无事时省城内外居民共有八十一万余口，现……合计不过数万口。”
清军仅在城内艮山门仓库就得到了几十万石的粮食，在城内太平军存储了近百万石粮，可见在这短短一年内，太平军搜刮了不少东西。由此可见，陈炳文等人不是因为弹尽粮绝而打不下去的，完全是形势恶劣使得他们绝望了，不想再打了。
五个月后，陈炳文在江西向清军鲍超投降了。
天国王爷
据地方志及当时人的记载，包括逃难返回的人，杭城能活到战后的大约是7万人。后人搜集死难者残骸，在岳坟附近、净慈寺后山都筑了万人墓。
在1860至1864年期间，杭州城是清军与太平军争夺的中心之一。嘉庆二十五年（1820年）杭州府有人口319.7万，依4‰的年平均增长率计，1858年杭州府约有人口372.1万，民国《杭州府志》卷57《户口》记载同治四年（1865年）全府土著人口为72万，仅占战前人口的19.4%。太平天国战争使得杭州府损失人口300万，人口损失率为80.6%。
左宗棠对同治三年战后浙江的看法是：通计浙东八府，惟宁波、温州尚称完善，绍兴次之，台州又次之，至金华、衢州、严州、处州等处孑遗之民，则不及从前二十分之一矣。或壮丁被掳而老稚仅存，或夫男惨亡而妇女靡托。……其浙西三属，惟嘉善、石门、平湖、桐乡等县素赖蚕桑为生计，数年之后，或可复元，其近山各县情形亦与金、严等处相似（《浙省被灾郡县同治三年应征钱粮分别征蠲折》，《左文襄公全集.奏稿》卷9。）。
浙江省的情况都差不多，人口锐减的程度触目惊心。这场无意义的太平天国战争给杭城带来了过量的生命损失，天国之兵给天国之城杭州带来了有史以来最惨烈的兵祸，希望这种人祸永不再现。
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