佐助和佩恩的对决还是在问题中很稀有的，既然是两者对比，那按照惯例就是全盛时期了，面对全胜时期的佐助，佩恩是没有胜率的，一个偶然间得到轮回眼的忍术天才怎么可能敌的过一个开挂的人呢。有相同的能力，而佐助却更胜一筹。佩恩的能力怎么说呢，当时他的能力并没有很厉害，可以说全部的伤害都来自写轮眼，失去之后他就没有什么对敌能力了。鸣人在没有得到六道能力之前，完全能吊打除了天道的其他人，这个时候的佐助也很厉害。在得到六道之力之后的佐助，右眼也拥有了六道轮回眼，这些忍术威力更是比天道大出很多，毕竟九个地爆天星困住九个真实的尾兽，和天道困不住一个尾兽化暴走的鸣人差距可太大了，这个时候的佐助基本已经占到10成胜率。
但是佐助非常依赖写轮眼，抛去轮回眼的能力，佐助的优势就几乎没有了，而且它也有一些弊端。这个时候的佐助有着超强的战斗能力，天照的频繁使用完全可以打出神罗天征的CD，但有可能会被饿鬼道吸收，须佐能乎几乎是很完美的，佩恩根本没有办法抵抗，也找不到压制的办法。所以地爆天星是佩恩这个时期对佐助最有力的杀招，佐助即便是有能力逃离地爆天星，可能也得是脱层皮。鸣人拥有仙术可能对佩恩还有针对性，直到最后期也是必不可少的，佐助只能靠着自己的瞳术才能与之匹敌，所以还是比较勉强，做不到五五开勉强能到四六开吧。
佩恩有的轮回眼能力，佐助也有。佐助能发挥出全部的实力，而佩恩全都是抢别人的，很多能力都无法使用，比如斑的轮回眼专属能力轮墓，佩恩就用不了。但是佩恩有两只眼睛，而佐助只有一只，这方面看来他们不相上下，只能在能力上面比较。佐助因查克拉的关系，他们之间不会存在太大的差距，也很有可能是两败俱伤的情况。不过佐助开启了万花筒写轮眼之后，应该能消灭佩恩五道。以佐助须佐能乎和加具土命的能力，轮回眼能力消灭五道是很轻松的，只有佩恩天道很麻烦。
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佐助拥有万花筒和轮回眼，但是查克拉还是没有改变，还不足以完全打败佩恩。佩恩的查克拉很多，虽然轮墓用不了，其他能力用得很熟练，也用得久。佐助不行，他没有佩恩那样庞大的查克拉，大招使用过多会导致自己累倒。因此，虽然佐助比佩恩多须佐能乎、加具土命、天照、天手力、空间传送门，但因为自身查克拉有限的关系，除了佩恩天道，其他应该都可以迅速解决。接着自己查克拉估计会耗费得差不多了，不足以打败佩恩天道，还有本体外道佩恩长门。
佐助查克拉所剩不多，是打败不了佩恩的，但佩恩也奈何不了佐助，佐助的逃跑能力是很强的，而且他还可以把长门的查克拉吸收掉，长门还要提防他，算起来，两人实力不相上下吧。总的来说佐助没开轮回眼之前，完全敌不过佩恩，但在开启轮回眼后，佐助实力大大提升，可惜只有一只轮回，所以也有很大的限制。佩恩实力强大，不能被佐助秒杀，所以佐助需要打持久战。对于佐助来说，持久战对他很不利，不过佩恩也不能打败佐助，佐助有天手力和空间传送门，足以自保。
所以，综上所述，佐助开启万花筒之前。这个时期佐助实力是远不如佩恩的，没有可比性，肯定是佩恩完爆佐助。开启轮回眼之后，这个时期的佐助可以说顶级战力，真正站在忍界顶端的男人，没有几个人能打败他，这个时期的佩恩是远远打不过佐助。佐助初期对战佩恩只有被虐的份。中期的佐助在大蛇丸的指教下修的千鸟终极进化版麒麟。中期的佐助对战佩恩依旧只有被虐的份。
后期忍界大战的佐助，拥有了轮回和万花筒，他对战佩恩可以说是简简单单，轻轻松松的事情。六道仙人赋予的六道阴遁之力是胜过佩恩的。力量上超越佩恩，战力也是，查克拉也一样。相互大战，你放一个地爆天星，我放一个地爆天星，佐助是可以开须佐能乎解决掉的，佩恩你拿什么解决地爆天星的挑战？终究是吃亏的。所以说后期的佐助可以吊打佩恩吧！
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